在线作图丨微生物分析——alpha多样性指数分析 一览丨最全病原微生物检测技术 健明迪

明天小编给大家分享的是alpha多样性指数剖析的干货~

Question 1：什么是alpha多样性指数剖析？

alpha多样性剖析是微生物多样性剖析中一个重要的组成局部，它主要关注局域平均生境下的物种的多样性水平，对某个样品或多个样品停止物种丰度（Richness）和群落中集体分配的平均度（Eveness）两个方面的研讨。alpha多样性指数主要包括：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、Richness、goods_coverage、Pielou、invsimpson等等。

Question 2：alpha多样性指数的含义？

① Richness-物种丰度；

②　Ace指数-评价群落中OTU数目；

③　Chao指数-用chao1算法估量样品中所含OTU数目；

④　Shannon指数-预算样品中微生物多样性；

⑤　Simpson指数-预算样品中微生物多样性；

⑥　Pielou指数-预算平均度；

⑦　goods_coverage指数-评价测序结果能否代表样本中微生物的真实状况；

⑧　invsimpson指数-相关于simpson指数，异样可以评价物种多样性水平的平均的群落丰度；

Question 3：如何不运用R完成alpha多样性剖析？

小编和他的小同伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（http://www.cloudtutu.com/#/index，收费的哦~），操作步骤如下：

①登录网址：http://www.cloudtutu.com/#/index（引荐运用360或许谷歌阅读器）

②输入用户名和密码（小编曾经为大家填好了，假设不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接运用，不用担忧隐私泄露，是不是诚意满满~

③登录后在工具一栏（全部剖析）里找到alpha多样性剖析，点击进入；

④请依照界面右侧的说明书或许下文停止操作，即可在2分钟内取得alpha指数表以及箱线图的可视化图片

话不多说，我们末尾举动吧~

step 1 上传数据

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或许.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式停止局部处置，但还是请您尽量依照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)

a)预备一个数据矩阵（方式参照示例数据，如微生物物种丰度表等）；

b)表格需求带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种目的数据名，例如OTU、ASV等;

c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或许.csv文件。操作方法为：全选excel中的一切内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

step 2 参数设置

3.1在界面右侧编辑分组信息：需求对一切样品停止分组，本网站支持在线修正分组称号的功用。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必需反省分组称号)

3.2挑选显示种类：按需自行选择要用的样本停止作图。（如无需求可以不填）

3.3绘图类型选择：图形填充颜色选择

3.4 横纵向选择：图形横向或纵向设置

step 3 下载文件

点击“运转”末尾作图，点击“下载”保管PDF格式的矢量图或许多样性指数表格。PDF格式的文件可经过矢量图编辑工具停止编辑。

step 4 作图后处置

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可经过矢量图处置软件停止编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处置软件和运用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

step 5 写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.

尊崇的用户，假设图图云平台在您的科研中有幸提供了些许协助，我们希冀您能在方法学或许致谢中提及我们，援用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，运用进程中有任何疑问或许报错欢迎随时联络小编反应。您的反应和建议是我们*的动力。